SALOME 9.15.0 native DB13 : correctifs nécessaires pour compiler et lancer sous Debian 13

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Bonjour,

Je signale ici plusieurs points rencontrés lors de la compilation de SALOME 9.15.0 native DB13 sous Debian 13, afin de contribuer à l’amélioration de l’installation sur cette plate-forme. C’est l’IA qui m’a aidé à installer et qui a rédigé le mesage ci-dessous. Je lui ai demandé de retirer tout ce qui avait déjà été publié sur ce site.
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Configuration utilisée :

  • Distribution : Debian 13

  • Archive : SALOME-9.15.0-native-DB13-SRC

  • Python système : 3.13

  • Compilation par SAT avec l’application SALOME-9.15.0-native

La compilation complète a finalement réussi et l’interface graphique se lance avec ./binsalome, mais plusieurs corrections ont été nécessaires.

  1. python3-nose signalé manquant par --check_system

./sat/sat config SALOME-9.15.0-native --check_system signalait :

python3-nose : KO

Sur Debian 13, le paquet python3-nose n’est pas disponible dans les dépôts standard. La compilation a néanmoins pu continuer, car SALOME fournit aussi nose_py3.

Suggestion : adapter la liste des dépendances Debian 13 pour éviter de signaler python3-nose comme dépendance système obligatoire, ou le remplacer par le mécanisme déjà fourni par nose_py3.

  1. mcut : échec sur utest, branche master inexistante

La compilation de mcut échouait pendant la récupération de utest :

fatal : référence invalide : master
Failed to checkout tag: 'master'

Fichier concerné :

SOURCES/mcut/tests/CMakeLists.txt

Bloc initial :

FetchContent_Populate(
    utest
    GIT_REPOSITORY                   https://github.com/sheredom/utest.h.git
    GIT_TAG          master
    GIT_PROGRESS FALSE
)

Correctif appliqué :

FetchContent_Populate(
    utest
    GIT_REPOSITORY                   https://github.com/sheredom/utest.h.git
    GIT_TAG          origin/main
    GIT_PROGRESS FALSE
)

Suggestion : remplacer GIT_TAG master par une référence valide, idéalement un identifiant de révision fixe plutôt que origin/main, afin de rendre la compilation reproductible.

  1. mcut : échec dans mio sur getline et ssize_t

Après correction du point précédent, mcut échouait ensuite dans le code C de mio :

unknown type name ‘ssize_t’
implicit declaration of function ‘getline’

Le correctif appliqué a été d’ajouter _GNU_SOURCE aux options C dans :

PROJECT/products/compil_scripts/mcut.sh

Après :

CMAKE_OPTIONS=

ajout de :

CMAKE_OPTIONS+=" -DCMAKE_C_FLAGS:STRING=-D_GNU_SOURCE"

Suggestion : ajouter cette option dans le script de compilation de mcut, ou corriger les sources mio pour inclure les en-têtes et macros appropriés.

  1. PERSALYS : échec Sphinx avec erreur d’encodage ASCII

La compilation de PERSALYS échouait pendant la génération de la documentation Sphinx :

Encoding error:
'ascii' codec can't decode byte 0xc3 in position 1172: ordinal not in range(128)

La locale utilisateur était pourtant bien en UTF-8 :

LANG=fr_FR.UTF-8
LC_CTYPE="fr_FR.UTF-8"

Fichier modifié :

PROJECT/products/compil_scripts/PERSALYS-v18.0.sh

Bloc autour de USE_SPHINX modifié ainsi :

elif [ "$DIST_NAME$DIST_VERSION" == "DB13" ]; then
    CMAKE_OPTIONS+=" -DUSE_SPHINX=OFF" # Sphinx fails with an ASCII decoding error on Debian 13
else
    CMAKE_OPTIONS+=" -DUSE_SPHINX=ON"
fi

Après cette modification, PERSALYS a compilé.

Suggestion : désactiver Sphinx par défaut pour Debian 13, comme c’est déjà fait pour certaines autres plates-formes, ou corriger l’environnement d’exécution de Sphinx pour garantir un encodage UTF-8.

  1. PyQt5.sip manquant pendant la compilation de GUI

Pendant la compilation de GUI, l’erreur suivante apparaissait :

ModuleNotFoundError: No module named 'PyQt5.sip'

Le fichier sip.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so existait dans :

INSTALL/PyQt/sip/lib/python3.13/site-packages/dist-packages/PyQt5/
INSTALL/sip/lib/python3.13/site-packages/dist-packages/PyQt5/

mais il manquait dans le paquet PyQt5 principal :

INSTALL/PyQt/lib/python3.13/site-packages/PyQt5/

Correctif appliqué :

cp -av \
  INSTALL/PyQt/sip/lib/python3.13/site-packages/dist-packages/PyQt5/sip.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so \
  INSTALL/PyQt/lib/python3.13/site-packages/PyQt5/

Après cela, GUI a compilé.

  1. PyQt5.sip manquant au lancement avec binsalome

Après compilation complète, ./binsalome lançait l’interface graphique, mais affichait encore :

Traceback (most recent call last):
  File ".../BINARIES-DB13/GUI/lib/python3.13/site-packages/salome/salome_pluginsmanager.py", line 94, in <module>
    import SalomePyQt
ModuleNotFoundError: No module named 'PyQt5.sip'

Vérification :

BINARIES-DB13/PyQt/sip/lib/python3.13/site-packages/dist-packages/PyQt5/sip.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so
BINARIES-DB13/sip/lib/python3.13/site-packages/dist-packages/PyQt5/sip.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so

Mais le module manquait dans :

BINARIES-DB13/PyQt/lib/python3.13/site-packages/PyQt5/

Correctif final appliqué :

cd SALOME-9.15.0-native-DB13-SRC

PYQT5_MAIN="BINARIES-DB13/PyQt/lib/python3.13/site-packages/PyQt5"
SIP_SRC="BINARIES-DB13/PyQt/sip/lib/python3.13/site-packages/dist-packages/PyQt5/sip.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so"
SIP_DST="$PYQT5_MAIN/sip.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so"

ln -srf "$SIP_SRC" "$SIP_DST"

Après ce lien symbolique, ./binsalome fonctionne sans cette erreur.

Suggestion : lors de la création de BINARIES-DB13, faire en sorte que PyQt5.sip soit accessible depuis le paquet PyQt5 principal utilisé au lancement, ou ajouter automatiquement le répertoire PyQt/sip/lib/python3.13/site-packages/dist-packages au PYTHONPATH.

  1. Autres points rencontrés mais déjà proches de discussions existantes

J’ai aussi rencontré des points déjà relativement documentés dans le forum :

  • OpenTURNS / otfftw : nécessité d’installer libfftw3-dev.

  • ParaView : reprise possible par compilation ciblée du produit, sans nettoyage complet dans mon cas.

  • PERSALYS : désactivation de Sphinx déjà utilisée sur d’autres plates-formes.

Conclusion :

SALOME 9.15.0 native DB13 fonctionne finalement sous Debian 13 après ces corrections. Les deux points les plus spécifiques à corriger dans l’empaquetage DB13 semblent être :

  • la gestion de PyQt5.sip dans INSTALL puis dans BINARIES-DB13/PyQt/lib ;

  • la compilation de mcut, avec utest et mio.

Ces modifications pourraient être intégrées dans les scripts SAT afin de rendre l’installation Debian 13 reproductible.

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